Particolare zona di turbolenza su Giove ripresa dal Voyager 1. Immagine in falsi colori.

Teorie sull'atmosfera di Giove elaborate con i dati delle sonde Voyager

Prima delle missioni della serie Voyager si riteneva che le "zone" e le "fasce" corrispondessero rispettivamente a strutture di gas ascendente e discendente con i confini ben definiti e senza rimescolamento reciproco. Dopo l'incontro con i Voyager la situazione apparve molto più complicata: i confini tra "zone" e "fasce" non erano netti, ma si notavano grandi macchie (alcune delle dimensioni della Terra) che turbinavano nel loro interno spesso immergendosi, rimescolandosi e di nuovo separandosi.

Sono quindi state avanzate due teorie.

• la prima che afferma che la circolazione atmosferica avviene a causa delle differenze di temperatura tra i poli; proprio come sulla Terra,
• la seconda è invece più originale. Presuppone infatti che all'interno del pianeta vi siano vasti cilindri concentrici di idrogeno liquido e superdenso allineati lungo l'asse di rotazione e perpendicolari alle "fasce" ed alle "zone" che sono quindi la sommità e il fondo di questi cilindri. Tale teoria ha il suo punto debole nella presenza di strutture permanenti come la "Grande Macchia Rossa" un sistema tempestoso grande tre volte la Terra in cui è difficile (come osservò il Voyager2 ) che possano entrare macchie più piccole.